Die Emmer ist ein 61,8 Kilometer langer, linksseitiger Nebenfluss der Weser, der in der Egge entspringt. Die Quelle sowie weite Teile des Oberlaufes liegen im Kreis Höxter. Ihr Einzugsgebiet ist 535 km² groß.
Die Quelle befindet sich am Osthang des 427 m hohen Rehberges in der Gemarkung Langeland, die zur Stadt Bad Driburg gehört. Anschließend fließt die Emmer vor allem durch forst- und landwirtschaftlich genutzte Gebiete und passiert mehrere Ortschaften bzw. Dörfer, z.B. Langeland, Erpentrup (beide Stadt Bad Driburg), Merlsheim, Himmighausen und Oeynhausen (alle Stadt Nieheim) sowie Gebiete der Stadt Steinheim.
Hauptzuflüsse sind hier der Breitenbach, der Voßbach, der Fischbach, der Mühlenbach (auch Emmerkebach genannt), der Beberbach, der Kabenwiesenbach, der Holmbach, der Heubach sowie die Niese, die zumindest abschnittsweise im Kreis Höxter fließt. Kurz hinter Steinheim verlässt der Fluss das Kreisgebiet, fließt anschließend durch den Kreis Lippe (NRW) und mündet bei Emmerthal im Kreis Hameln-Pyrmont (Niedersachsen) beim Weserkilometer 128,1 in die Weser.